一般情况，怀孕39天B超看不到孕囊可能是正常情况，无需过度担心，通常怀孕需要在 停经后35天到40天左右可以通过B超看到孕囊，因此时间不一致。导致孕囊出现时间交完的原因于排卵期比较晚，若是孕妇生活重生理期不规律，可能排卵期比较晚，那么受精卵着床的时间也会推移，从而可能在怀孕39天看不到孕囊，此外还可能是因为宫外孕看不到孕囊，这时是比较严重，建议孕妇及时根据医生指导下进行治疗。

孕妇需要及时等待，没有出现下腹部不适以及出血的现象，建议一周后再次进行B超检测，若是出现出血以及腹部疼痛等现象，建议及时就医，避免出现严重不良后果，孕妇保持心情愉悦，不要过于紧张等。