眼睛下面长扁平疣主要是由于皮肤组织感染了人乳头瘤病毒，这种赘生物可以遍布全身，具有一定的接触传染性。如果患者眼睛下面的扁平疣数量不是很多，可以使用激光或是冷冻的方法去除。如果扁平疣数量比较多，那么可以在医生的指导下局部使用维A酸乳膏、干扰素凝胶、酞丁安搽剂等进行治疗，同时还可以口服一些提高免疫力的药物进行治疗，如左旋咪唑片、转移因子胶囊等。

扁平疣患者日常生活中要避免生活卫生器具和家人混用，以免交叉感染。不要对患处进行搔抓，要忌烟忌酒，避免吃一些辛辣刺激性的食物，可以多吃一些蔬菜水果等，补充维生素。同时患者还要多进行体育锻炼，提高自身的抗病能力。