三个月婴儿感染甲流，可采取以下治疗方法：药物治疗、物理降温、保证充足水分摄入、密切观察病情、保持室内空气流通等。

1、药物治疗：

可在医生指导下使用奥司他韦等抗流感病毒药物进行治疗。需严格按照医嘱剂量和疗程用药，家长切勿自行增减药量。

2、物理降温：

若婴儿有发热情况，当体温低于 38.5℃时，可采用温水擦拭腋窝、腹股沟等部位进行物理降温。

3、保证充足水分摄入：

多给婴儿喂母乳或适量温开水，以防脱水。

4、密切观察病情：

留意婴儿体温、呼吸、精神状态等变化，如有异常及时就医。

5、保持室内空气流通：

每天定时开窗通风，保持室内空气清新。

婴儿感染甲流后，家长要做好护理工作。尽量减少外出，避免前往人员密集场所。接触婴儿前要洗手，防止交叉感染。同时，要保证婴儿充足睡眠，有助于身体恢复。若病情加重或持续不缓解，务必及时就医。