肛瘘术后40天伤口还没愈合，一般需要选择探针探查进行挑开，再进行清创处理。这种情况，可能是由于创面存在假性愈合。必要的时候还可以在麻醉的状态下对出现了感染的伤口，或者是过度增生了肉芽组织的伤口，或者是有畸形愈合的伤口进行修整。另外，也可能是肛瘘手术后，还存在内口或者瘘管没有清除干净。这种情况需要复查盆底核磁共振，确诊是否存在内口或者瘘管没有清除干净。必要的情况下，可能需要三个月之后再次进行肛瘘手术的治疗。

此外，日常生活中禁食辛辣刺激性食物，保持大便通畅及肛周清洁，避免久蹲，并按时复查换药。