骨髓水肿是否能自愈，主要取决于病情是否严重，如果病情不严重的情况下，可以通过适当的休息，少部分患者是有自愈的概率的， 但是绝大部分还是需要进行一定的治疗，因为骨髓水肿的话一般都和软组织的挫伤以及局部的韧带关节囊和血管神经损伤有关系。这种损伤的话，引起骨髓水肿一般炎症和损伤都比较重。

治疗方面首先查明原因，并且积极的治疗原发病，对于外伤性的骨髓水肿累及负重肢体部位时，应充分的卧床休息，避免关节的负重，并且休息时间要足够长，一般要保暖休息三到六个月。如果出现疼痛明显，可以口服非甾体类的抗炎止痛药物，并且可以辅助局部的理疗、针灸、烤电以及短波的治疗，来促进骨髓水肿的恢复，并且可以应用活血化瘀的中药外敷。对于椎体骨质疏松压缩性骨折引起的骨髓水肿，有很好的疗效。如果骨髓水肿是炎症刺激所导致的，这种情况一定要加用抗炎药物治疗，来促进炎症的消退和骨髓水肿的消退。而对于肿瘤所导致的骨髓水肿或者是自身免疫性疾病所引起的骨髓水肿，一定要针对病因系统的治疗，才够促进骨髓水肿的恢复。