指甲痛隐隐作痛然后开始发黑考虑可能是真菌感染导致的灰指甲引起的，也可能是甲下出血引起的，具体情况需要根据病因对症治疗，具体如下：

1、真菌感染导致的灰指甲引起的，在医生的指导下可以服用复方氨维胶囊和盐酸特比萘芬片等药物，也可以用抗真菌药物，如酮康唑软膏，硝酸咪康唑乳膏等药物。

2、引起甲下出血的原因，主要是穿鞋挤压或者受到外力、摩擦刺激等，还可能与受到一些物质的磕碰也会导致甲下出血，对于指甲变黑，也就是甲下出血，可以服用阿司匹林片、布洛芬缓释胶囊等药物缓解疼痛。