扁桃体发炎半夜疼醒可能跟细菌感染有关，也可能跟咽喉炎有关，建议患者到正规医院完善相关检查，明确具体的病因后对症处理，具体如下：

1、细菌感染：细菌感染可能导致扁桃体发炎疼痛，需要在医生指导下服用一些药物，例如阿莫西林、头孢拉定、蒲地蓝消炎口服液等，可以促进扁桃体炎的恢复，治疗期间注意休息，多饮水、多食用富含维生素的食品促进恢复，不要剧烈运动，不能进食辛辣刺激性食物。

2、咽喉炎：预防咽喉炎首先需要明确病因，针对病因进行预防，明确病因后将其去除，咽喉炎可自然消失，平时需要改善自我工作和生活的环境，注意室内的卫生、湿度即温度，改变发声的习惯，例如长期高声讲话、大声唱歌等，还要改变饮食习惯，避免刺激性食物及不规律饮食对咽喉的损伤，做到戒烟戒酒，自身体质加强，要适当锻炼身体，增强体质。