眼部扁平疣和脂肪粒是两种不同的疾病，具体的区别如下：

1、扁平疣：扁平疣一般是因为患者免疫力下降而感染了人类乳头瘤病毒所导致的。患者一般会出现突出体表的疣体，表面粗糙、界限清楚。这时患者可以在医生的指导下口服一些调整免疫力的药物进行治疗，如转移因子胶囊、胸腺肽等。还可以外用维甲酸类的药膏进行抗病的治疗，如他扎罗汀凝胶、维A酸乳膏等。

2、脂肪粒：脂肪粒是指在人体皮肤上出现的约针头大小的“小疙瘩”，主要表现为针头至米粒大小的丘疹，呈乳白色或黄色，经常出现在眼睑周围、额部、面颊等部位。患者可以在医生的指导下使用维A酸乳膏、水杨酸软膏等进行治疗。