眼部扁平疣可能会自愈。一般情况下，扁平疣不管发生在眼部还是身体的其他部位，扁平疣都有两个发展趋势：第一、自动好转，痊愈；第二、越来越多，越来越严重。什么情况下会自己好转，在机体免疫力比较强的情况，自身对抗这种病毒就会好转；在机体免疫力下降，比如系统性疾病或者睡眠、精神状况不是太好、免疫力比较低下的时候，扁平疣就会逐渐增多，所以在任何部位都可能治愈，也可能增多。

但是如果不做好平时的护理，也很容易复发。可在医生的指导下使用干扰素凝胶、他扎罗汀乳膏等药物。此外，还可以用穴位注射法以及耳后放血法来进行治疗。

日常生活中，注意清淡饮食，天冷注意保暖，避免熬夜，保持规律作息，保持心情愉悦，情况没有改善时，建议及时就医。