扁桃体发炎后咳嗽不止可能跟局部咽炎有关，也有可能跟上呼吸道感染有关，需要具体情况具体分析，具体如下：

1、局部咽炎：局部咽炎是上呼吸道感染的常见表现，在这种情况下可以坚持服用中草药片，每天4-6次，持续3天，然后注意保暖，避免辛辣食物，不要吸烟，复发性咳嗽应该由支原体感染或咳嗽变异性哮喘引起，建议在医院检查支原体抗体，进行过敏源试验和气管松弛试验，明确咳嗽原因。

2、上呼吸道感染：上呼吸道感染是由于细菌感染导致的，应该及时进行消炎去火治疗，可口服一些药物，例如阿奇霉素、头孢呋辛酯等，也可加清开灵颗粒、清热解毒颗粒、双黄连口服液等药物，有助于改善咳嗽不止的情况。