藿香正气水以理气为主，有解表散气之功效。可用于治疗普通风寒感冒，或头痛呕吐，霍乱吐泻，胃脘痛等。经研究发现，藿香正气水对某些皮肤病同样有效。藿香正气水能调理肠胃，因为藿香含有挥发油，能促进胃液分泌，改善胃口，促进消化，还能缓解肠胃不适。藿香正气水还能止咳化痰，因为含有桔梗和陈皮，能祛痰，还有止咳作用。这些甘草还能止咳、化痰，对支气管扩张或支气管疾病有良好的改善作用，有助于平喘。藿香正气水还具有抗病毒、抑制细菌滋生的作用，具有广谱抗菌作用，抗菌成分比较稳定，不容易被热、酸、碱破坏。结果表明：对金黄色葡萄球菌、溶血性链球菌、痢疾杆菌等均有一定的抑制作用。所含的广藿香酮对金黄色葡萄球菌，绿脓杆菌，大肠埃希菌，痢疾杆菌，甲溶血链球菌，肺炎双球菌都有抑制作用。夏季极易中暑，如高温天气不及时补充水分，加上日晒极易导致中暑。藿香正气水具有解热、消暑、排汗作用。