做光子嫩肤可能会造成缺水干燥、灼伤、感染过敏等。做光子嫩肤会因受光子照射后皮肤新陈代谢加快，有可能导致皮肤干枯缺水，加速水分在皮肤中的流失。此外在进行光子嫩肤时皮肤比较脆弱，必须做好防晒、补水和保湿工作，否则很容易引起新的皮肤问题。假如是肤色较深，色素容易沉淀在皮肤上的人进行光子嫩肤时，很容易出现皮肤灼伤的情况。也是因为他们在做光子嫩肤时，需要提高光子的照射强度，以帮助达到嫩肤的效果。当光子照射强度超过安全值时，就容易引起皮肤烧伤，同时也会刺激色素的产生。在进行光子嫩肤之前，如果是用冷凝胶涂抹于治疗部位质量不过关，或接受光子嫩肤后，使用其他品质不能保证的化妆品，则很容易在光子嫩肤后出现色素沉着，脸部长斑，皮肤变黑等问题。若含有微生物还会引起面部皮肤感染，出现皮肤过敏、红肿等问题。