下面长小水泡有点疼可能跟生殖器疱疹有关，也可能跟毛囊炎有关，需要具体情况具体分析，具体如下：

1、生殖器疱疹：一般是由单纯疱疹感染而引起的簇集小水泡，破溃后形成糜烂或溃疡，自觉疼痛，伴有腹股沟淋巴结肿痛等症状，可以服用一些药物，例如阿昔洛韦片、阿昔洛韦乳膏等，也可去医院做妇科检查，明确诊断以后治疗为好。

2、毛囊炎：通常是由于清洗不及时、内裤更换不及时导致，毛囊炎轻者可以用清水清洗，局部使用酒精或碘伏消毒即可，严重者局部可能会发生破溃，如果局部发生破溃要注意局部清理，可以使用红霉素软膏或莫匹罗星软膏进行局部消炎，还要注意内裤不要过紧、要保持局部干燥和清洁。