藿香正气水有祛痰，止咳平喘、止泻、缓解肠胃不适等功效。藿香正气水含有多种中药成分，其中，桔梗皂甘和陈皮挥发油均具有刺激性祛痰作用；半夏具有明显的止咳作用;甘草既可祛痰，又可止咳；陈皮对气管、支气管有轻度扩张作用，有助于平喘，故藿香正气水，有祛痰止咳和平喘的功效。夏季是各种微生物快速繁殖生长的季节，如饮食不当容易导致腹泻等肠胃疾病，而藿香正气水对细菌性或暑湿性腹泻有明显疗效。藿香正气水具有解表、理气、化湿的作用，可缓解消化不良、呕吐、腹泻等肠胃不适。藿香含有挥发油，能促进胃液分泌，增强食欲和消化系统，且对胃肠有解痉、防腐的作用，故有芳香健胃的功效，其中陈皮可缓解胃肠平滑肌痉挛;白术中含有少量挥发油，可缓解胃肠蠕动;甘草亦可解痉止痛，故对胃痛病症服用适量藿香正气水也有一定的效果。