益生菌可以预防和改善腹泻。益生菌里面的活性嗜热链球菌和布氏乳杆菌能够产生一种乳糖酶，帮助乳糖不耐受的人们消化乳糖，可以缓解不耐乳糖症状。除了益生菌对胃肠道本身有保护作用之外，对全身也是有保护作用，因为益生菌是肠黏膜屏障重要组成部分，没有益生菌之后，有害物质就会通过肠道屏障，进入血液，有可能会引起菌血症，甚至败血症，甚至脓毒血症，所以对于肠道益生菌应该非常重视，对于有症状病人，也是需要进行及时补充。益生菌还可以缓解过敏症状，益生菌能产生调节体内免疫球蛋白抗体，起到缓解过敏症状的发生。除此之外，补充益生菌还能预防骨质疏松。还可以抑制肿瘤生长，生成一些抑制代谢物，如多糖，细菌素和乳酸，并且通过抑制转化致癌物的酶的产生来激活免疫系统，特别是巨噬细胞，NK细胞和B淋巴细胞的活性以及抑制细胞突变等手段，以及降低肠道的pH值，刺激肠道蠕动，使肠道致病菌毒素和致癌物排除体外，降低癌变的可能性。