三个月宝宝吃奶只吃一边,吃另一边就哭可能是由于宝宝吃另外一边不舒服，或者妈妈乳汁的问题，具体情况如下：

1.宝宝吃另外一边不舒服：可能是由于姿势不正确造成吃另外一边的时候，宝宝的胳膊或者腹部有挤压，引起身体不适，也有可能是由于宝宝患有鹅口疮，导致吃另一边会不舒服，可以在医生的指导下使用制霉菌素、碳酸氢钠等药物进行治疗，如果病情没有得到缓解或者加重，建议及时到医院就医，遵循医嘱进行治疗。

2.妈妈乳汁的问题:可能是由于妈妈另一边的乳汁比较冲，或者是乳汁比较少，让宝宝喝起来觉得难受，所以导致宝宝吃奶只吃一边,吃另一边就哭，可以先让宝宝吃一边的奶，建议妈妈到医院做系统的检查，查清缘由。

妈妈平时注意自己的个人卫生，喂奶期间不要喝酒、浓茶、咖啡等饮品，忌辛辣刺激的食物，如果是奶粉喂养，注意奶瓶的清洁卫生，按照配方冲泡奶粉，注意观察宝宝的饭量，避免造成消化不良，注意给宝宝保暖，避免宝宝着凉。