最里面大牙旁边肉肿了，可以通过以下方法进行治疗，具体如下：

1、一般治疗：可以通过洗牙的方式去除牙菌斑和牙结石，如果牙石过多，还可以采取牙龈刮治，同时要保持口腔内清洁，采取正确的刷牙方式，饭后及时漱口，避免残留食物残渣。

2、药物治疗：如果上述方法效果不佳，还可以谨遵医嘱服用抗生素类的药物进行治疗，比如人工牛黄甲硝唑胶囊、阿莫西林胶囊等，如果出现疼痛，还可以谨遵医嘱服用非甾体类的抗炎药物，比如对乙酰氨基酚片、布洛芬缓释胶囊等。

3、手术治疗：如果症状比较严重，药物治疗无效，就要及时到医院就诊，可以通过根管治疗，必要时可以通过手术切开引流，术后定期复查。