先天巨输尿管的治疗方法与患者的病情严重程度有关。如果患者没有明显的肾积水、输尿管扩张等症状，可以暂时随访观察，必要时通过双“J”管引流、输尿管扩张等方法进行保守治疗；如果患者的肾积水、输尿管扩张等症状较为轻微，可行输尿管裁剪整形后膀胱再植术；如果病情较为严重，可选择肾输尿管切除术，如伴随感染，需先通过肾造瘘引流控制感染后，再进行肾输尿管切除术。如果患者为婴儿，多数建议在一岁以后再进行手术，病情严重时可在三个月后手术。具体治疗方法的选择，患者可向专业的医生进行咨询。

治疗期间注意饮食营养清淡，可以多吃新鲜的蔬果，能够为身体补充多种维生素，可以适当增加饮水量，注意不要长时间憋尿。