在一般情况下，12岁男孩尿分叉有可能是由于生理因素导致的，还有可能是由于包皮过长、尿道炎等疾病导致的，具体情况如下：

1、生理因素：如果男孩在憋尿之后进行的排尿，由于尿液的冲击可能会导致尿道口形态出现改变，就会出现尿分叉的情况，改变憋尿习惯是会逐渐改善的。

2、包皮过长：可能是由于先天性发育不足导致的包皮过长，男孩就会出现尿液排出不顺畅的情况，男孩可以在专业医生的指导下进行包皮环切术来改善。

3、尿道炎：主要是由于感染导致的，男孩会出现尿痛、尿频、尿急、尿分叉等症状，男孩可以在医生的指导下使用复方磺胺甲噁唑片、头孢克肟颗粒等药物进行治疗。

除此之外，还有可能是由于前列腺炎、尿道结石等疾病导致，所以要及时带男孩到医院检查， 及时的对症治疗。