羊水穿刺是侵入性的诊断检查，任何侵入性的检查都有一定的医疗风险，例如可能导致孕妇出血、出血性休克、羊水流出、流产、伤及胎儿。但其总风险率较低，导致胎儿流产的风险也不超过1%，只要选择正规的大医院，有经验的医生，一般危险性都很小。术中可能由于孕妇自身原因，如腹部和子宫的异常或腹中羊水较少、胎盘位置在前壁等，导致手术失败。假如术前准妈妈有感染的机会，或者在做完羊水穿刺后没有及时做好清洁、卫生工作，则会有宫内感染的现象发生。如孕妇有合并心脑血管疾病，则会因术中受到刺激如疼痛或紧张，而导致心脑血管出现异常。这种方法用细针将孕妇的羊膜腔穿刺，在穿刺过程中可能会对母亲和腹中的胎儿造成一定的危险，如妇女出血，甚至休克，导致术后流产，危及胎儿等。