阴茎根部有小颗粒可能是皮脂腺异位症引起的，也可能是毛囊炎或阴茎丘疹导致的，建议患者及时就诊治疗，具体如下：

1、皮脂腺异位症：一般是由激素分泌紊乱引起，通常表现为阴茎部位有黄白色丘疹，阴囊表皮也可出现散在分布的丘疹，可导致阴茎根部有小颗粒。皮脂腺异位症一般不需要特殊处理，日常需注意保持会阴部的清洁，每天更换内裤。

2、毛囊炎：若患者日常生活中没有注意会阴部的卫生，容易引起毛囊炎，在病变初期可出现局部散在分布红色丘疹以及皮肤疼痛、红肿等症状，可导致阴茎根部有小颗粒。这种情况下需要遵医嘱给予抗生素控制感染。患者可使用红霉素软膏或者莫匹罗星软膏等药物。

3、阴茎丘疹：一般是由于患者平时没有注意龟头卫生引起的，表现为阴茎根部或者龟头的冠状沟部位有密集分布的小丘疹，可导致阴茎根部有小颗粒，患者一般没有不适症状，可去医院通过激光治疗去除。

此外，阴茎根部有小颗粒还可能是尖锐湿疣导致的，可出现红肿、疼痛的症状，建议及时就诊，明确病因后积极治疗。