自体免疫性脑炎可能会有后遗症。自体免疫性脑炎是一种由自身免疫系统产生某种抗体，对大脑和神经系统进行“攻击”的疾病。通常可能会导致失语、癫痫发作、和运动障碍等。如果较早发现并及时治疗，一般可以大大降低后遗症出现的风险；但是若不及时就医、积极治疗，有可能会导致情绪波动、肌肉萎缩、癫痫发作等后遗症，甚至影响患者的正常生活。

通常自体免疫性脑炎多发现于儿童群体，患者可能会出现头痛、发热、思维缓慢、行为异常等症状，这种情况下建议及时到医院就诊，避免耽误治疗，如果确诊，可以在医生的建议下甲泼尼龙、醋酸泼尼松等药物进行治疗。同时家属注意帮助患者锻炼身体，保持关节、肌肉的正常功能。