一般而言，这里的根部指阴茎根部，射精的时候阴茎根部疼痛可能是性生活过度导致的，也可能是心理障碍或前列腺炎导致的，建议及时就诊治疗。具体如下：

1、性生活过度：如果过度进行性生活，可能会使阴茎根部发生炎症感染，导致充血。当射精的时候可能会导致平滑肌收缩，容易对阴茎根部造成刺激，所以可能会出现上述症状。

2、心理障碍：如果患者在性生活时心理压力比较大或总是精神紧张，可能会导致阴茎根部肌肉痉挛收缩，在射精时可能会出现这种症状。

3、前列腺炎：如果患者平时在进行性生活时不注意个人卫生，容易患上前列腺炎，在炎症的刺激下可能就会导致局部肌肉收缩加强，从而可能会出现这种症状。

除上述原因外，少数情况下射精的时候阴茎根部疼痛还可能是阴茎肿瘤导致的，患者可出现阴茎根部红肿、溃烂等症状，建议患者及时就医，排除这种风险。