男性小便时尿道刺痛首先考虑是急性尿道炎导致的，其次考虑是尿道结石导致，具体如下：

1、急性尿道炎主要是感染导致。治疗上主要选择药物治疗，急性尿道炎选择的药物以抗生素为主，例如头孢克肟、头孢呋辛、头孢地尼、青霉素、左氧氟沙星、阿奇霉素、诺氟沙星等，以上药物对急性尿道炎均有一定的疗效。但是具体使用哪些药物，需要根据患者尿液的细菌培养结果来选择。

2、尿道结石的形成机制尚不明确，主要认为是患者的膀胱以及上尿路结石在尿道滞留导致，而结石的形成一般是多种原因导致，主要有年龄、性别、饮食习惯、遗传、环境等因素。尿道结石以手术治疗为主，治疗方式需根据结石的大小、形状、所在部位及尿道状态来确定。