坐着的时候阴囊不舒服一般考虑是坐姿不正确、尿道炎、睾丸炎等原因导致，具体如下：

1、坐姿不正确，如果坐姿不正确，或是穿的内裤过紧，对睾丸部位造成压迫，出现不舒服的感觉，建议更换宽松的内裤，纠正不良坐姿，可以改善此症状。

2、尿道炎，如果患有尿道炎，坐久了没有及时排尿，可能会导致炎症加重，进而影响阴囊部位，导致出现不舒服的感觉，可能还会伴有尿频、尿痛的症状，可以在医生指导下服用左氧氟沙星、环丙沙星、阿奇霉素等药物进行治疗。

3、睾丸炎，主要是受细菌感染，会出现肿胀、疼痛等不适感，坐着的时候可能会刺激阴囊，出现不舒服的感觉，可在医嘱下头孢克肟、头孢地尼分散片、盐酸环丙沙星片等药物治疗。

另外还有可能是精索静脉曲张导致，建议患者及时到医院检查，明确原因后对症治疗，避免给身体造成影响。