阴茎根部疼痛的原因，可能与生理性因素、精囊炎、前列腺炎等有关，具体如下：

1、生理性因素：阴茎部位比较敏感，如果性生活方式不当，可能会引发疼痛，如果逐渐恢复，建议不必太担心，属于正常的生理现象。

2、精囊炎：与饮食不当、性生活频繁等有关，精囊出现炎症后，会引发疼痛感，阴茎根部也会出现肿胀、疼痛等不适，建议根据医嘱口服盐酸多西环素片、阿奇霉素分散片、罗红霉素分散片等药物进行治疗，日常应选择宽松舒适的衣物。

3、前列腺炎：病因较为复杂，主要症状为排尿困难、腹痛、乏力等，阴茎根部也会受到影响，出现疼痛，患者可以口服前列平胶囊、诺氟沙星胶囊、别嘌醇缓释胶囊等药物进行治疗，日常应适度运动，避免久坐。

除上述常见原因外，还可能与生殖器疱疹等有关，建议患者选择正规医院全面检查，根据病因，对症治疗。