一般情况下，扁桃体发炎咳嗽发烧可能跟细菌感染有关，也可能跟扁桃体肿大有关，建议患者到正规医院完善相关检查，明确具体的病因后对症处理，具体如下：

1、细菌感染：细菌感染导致出现炎性反应，治疗应用抗菌药物，如阿莫西林、头孢氨苄、阿奇霉素、克拉霉素等进行治疗，如果发烧超过38.5摄氏度，可以应用退热药物，例如扑热息痛、布洛芬胶囊，布洛芬混悬液等。同时注意清淡饮食，多喝水，有利于体温下降，可以用温水进行擦拭身体，起到物理降温作用。

2、扁桃体肿大：扁桃体肿大要去正规的耳鼻喉科做检查，根据检查结果遵照医师的建议服用消炎药物，例如头孢克肟、头孢呋辛酯等，在饮食上要注意清淡，不要吃辛辣刺激油腻的食物，一定要多喝水，以免形成支气管炎的症状。