三个月男宝宝睾丸一个大一个小可能是生理因素导致的，也可能是睾丸炎或睾丸囊肿引起的，建议对症治疗，具体如下：

1、生理因素：三个月男宝宝阴囊内有两个睾丸，双侧睾丸发育不一定完全同步，大小可能会有差别。如果双侧附睾都在正常大小范围内，并且睾丸没有疼痛，这种情况不需要特殊处理，注意观察即可，不用过于担心。

2、睾丸炎：一般发于一侧，炎症物质刺激周围组织，导致分泌增加，可表现为患侧睾丸肿胀，体积可能会增大，同时还可出现疼痛的症状。患者可遵医嘱使用头孢克肟、阿莫西林等药物来控制感染。

3、睾丸囊肿：当睾丸囊肿发生于一侧睾丸时，可能会表现为患侧睾丸体积增大，部分睾丸囊肿体积较小，没有明显症状，如果囊肿体积过大，压迫周围组织，睾丸硬度可能会增加，从而出现三个月男宝宝睾丸一个大一个小的情况。当出现睾丸囊肿时，可通过手术将囊肿切除，需送病理明确诊断。

此外，三个月男宝宝睾丸一个大一个还可能是隐睾症导致的，患者需及时就诊，明确病因后积极治疗。