男性小便后尿道疼痛主要考虑是泌尿系感染导致，其次考虑是慢性前列腺炎导致，具体如下

1、泌尿系感染，临床主要症状为尿频、尿急、尿痛，部分患者会出现血尿、尿道口分泌物等。尿常规检查能够观察到白细胞。泌尿系超声一般无异常。治疗上主要选择抗感染治疗为主，多喝水、多休息。药物主要选择恩替卡韦、阿昔洛韦、伊曲康唑、氟康唑、阿莫西林、头孢呋辛酯等。

2、慢性前列腺炎，临床主要症状为主要有尿频、尿急、尿不尽、排尿不畅、会阴不适等。尿常规和泌尿系超声检查一般无异常。治疗上主要以α-受体阻滞剂+中成药为主，初期治疗也可以选择抗生素治疗。药物主要选择哌唑嗪片、特拉唑嗪胶囊、盐酸左氧氟沙星片、加替沙星片、尿塞通片、前列安通胶囊等。