在一般情况下，阴茎短小的患者只要没有影响正常性生活，睾丸发育也正常，可以使精卵结合形成受精卵的情况下是不会影响到怀孕的。但是如果患者的阴茎短小通同时伴有尿道下裂、弱精症、无精症等疾病的情况下，是有可能会影响到怀孕的，具体情况如下：

1、尿道下裂：尿道下裂是由于男性尿道开口位置异常导致的，患者会出现异位尿道口、阴茎下弯、包皮异常等症状。患者需要在医生的指导进行手术治疗。

2、弱精症;主要是由于感染、精液液化异常、肾气不足、精索静脉曲张等因素导致的，严重的情况下还有可能会出现影响生育的情况。患者需要到医院查清病因然后对症治疗即可。

3、无精症：主要是由于先天性睾丸异常、输精管堵塞、内分泌、睾丸病变、无睾症、双侧隐睾等因素导致，严重的情况下还有可能会出现影响生育的情况。患者需要到医院查清病因然后对症治疗即可。

除上述病症，还有可能是由于患者染色体异常、输精管道阻塞等疾病也会导致患者出现不育的情况，建议患者及时到医院检查对症治疗。