宝宝持续一晚上发热39摄氏度可能是流行性感冒、支气管炎、肺炎等引起的，此时需在医生的指导下服用退热药物，如布洛芬混悬液，对乙酰氨基酚栓等，建议及时就医，通过相应的检查，确诊后对症治疗。

1、流行性感冒：是流感病毒引起的一种呼吸道疾病，可出现高热、乏力、咳嗽、流鼻涕等症状，可遵医嘱口服磷酸奥司他韦干混悬剂、氨溴特罗口服溶液等药物进行治疗。

2、支气管炎：通常以咳嗽、咳痰、喘息、发热为主要临床症状，可在医生的指导下使用阿奇霉素、红霉素、头孢曲松钠等药物进行治疗。

2、肺炎：主要是由细菌、病毒等引起的肺部感染，可出现不同程度的发热、精神萎靡、咳嗽、咳痰等症状，可遵医嘱使用阿莫西林、头孢拉定等药物缓解症状。

除以上原因外，还有可能是急性胃肠炎、急性扁桃体炎、细菌性痢疾、肠结核、结核性腹膜炎、肝炎、脑肿瘤等疾病引起的，建议及时到医院就诊，对症治疗。