大拇指甲盖上有凹坑可能是因为外伤引起的，也有可能是因为缺钙或者是甲癣等原因引起的，建议及时到医院就诊，对症治疗。

1、外伤：当大拇指甲收到外力的碰撞或击打时，就可能出现凹坑的现象，此时还可伴有红肿、疼痛感，大拇指盖还可能出现黑紫的现象，此时需要及时到医院就诊，可外用碘伏溶液、医用酒精等进行消毒，如果大拇指甲受伤严重，还可能需要把大拇指甲盖拔掉。此时需要注意局部的清洁卫生，短期内也不能沾水，避免感染。

2、缺钙：这是比较常见的一种原因，同时还可伴有指甲易碎、发白等症状，此时需要及时补充钙物质，可在医生的指导下口服碳酸钙、乳酸钙等药物缓解症状，在日常生活中需要多吃一些含钙的食物，如紫菜、菠菜、海带、虾皮等食物，有助于补充钙物质。

3、甲癣：通常表现为局部指甲颜色的变化，可为白色、黄色等，而且指甲比较脆弱，容易分离等，可在医生的指导下口服伏立康唑胶囊、伊曲康唑胶囊等药物进行治疗。在治疗期间需要避免指甲受伤，做好个人卫生，不予其他人直接接触，避免传染给其他人。

除此外，如果还伴有咳嗽、呼吸困难、气急等症状，还需要警惕低氧血症，建议及时到医院就诊，对症治疗。