阴茎两侧疼一般考虑是生理性因素、尿道炎或是前列腺炎所致，具体如下：

1、生理性因素，如果性生活过于频繁或是经常手淫，会造成阴茎疼痛的症状，建议减少同房次数、戒掉手淫的习惯，症状也会自行缓解。

2、尿道炎，如果患有尿道炎，一般在排尿时或是排尿结束的时候会出现阴茎疼的感觉，同时还有伴有尿频、尿急、尿不尽的症状，建议患者在医嘱下服用喹诺酮类、头孢菌素或复方磺胺甲恶唑等抗菌药物进行治疗。

3、前列腺炎，患者在炎症刺激下，排尿时会出现阴茎两侧疼痛的现象，可在医生指导下服用红霉素、罗红霉素、多西环素等药物进行治疗。

另外还有可能是尿道结石导致的，因此建议患者及时到医院检查，明确原因后积极进行治疗。