结肠镜通常是采取侧卧位、涂上润滑剂进行检查。一般而言，做结肠镜之前需要清理肠道，在前一天晚上遵医嘱服用药物后大量喝水，促进肠道内容物排出。直到排出清水样的大便后，才可以做结肠镜检查。另外，在做检查时还需要注入少量的空气扩张肠腔，有助于观察肠道黏膜是否存在病变情况。

结肠镜检查分为普通的结肠镜和无痛的结肠镜。其中无痛结肠镜是指通过静脉给予麻醉药物，在没有意识的状态下进行操作，这时一般会避免不适的感觉。