朱砂用于烦躁、心悸、失眠。甘寒质重，专入心经，寒热解毒，重能镇怯。故朱砂既可令人安神助眠，又可清宁心安神，适宜内火亢盛之心神不宁、烦躁难眠者，与黄芩、莲子等同用，可提高清宁心安神的功效。亦可用治其它病因之心神不安，若心血虚者，可与川芎、地黄等配伍，如朱砂安神丸;阴气两虚者，朱砂又常与养心安神药如酸枣仁、柏子仁、川芎等配伍;而朱砂用于惊风癫痫。能定惊安神、助眠。应用治疗高烧神昏，惊厥，朱砂常与牛黄丸、血竭等通窍、息风药物同用，如安宫牛黄丸;治小儿急惊风，朱砂多与牛黄丸、全虫、钩藤等配合使用，如牛黄丸散;用治癫痫卒昏抽搐，如磁朱丸等配合磁铁丸。以疮疡疮毒之，咽喉肿痛，口臭。朱砂寒性，具有极强的清热除火、口外敷之功效。用朱砂治疮疡，朱砂多与雄黄、大戟、山慈菇等同用，如紫金丸;用朱砂治咽喉肿痛、口舌生疮，用冰硼散等同用。