耳根后面疼可能是中耳炎、乳突炎等原因引起的，建议及时去医院就诊，查明原因，在医生的指导下进行治疗，具体如下：

1.中耳炎主要是由于咽鼓管充血和肿胀，从而使渗出物流通不畅，引起中耳感染。一般会有耳痛、听力下降等症状，还会伴有耳道的流水、流脓等，需要口服消炎药，比如头孢克肟，青霉素V钾片，同时需要使用氧氟沙星滴耳液、盐酸洛美沙星滴耳液等局部外用。

2.乳突炎表现为乳突部皮肤轻度肿胀，耳后沟红肿压痛等症状。建议在医生的指导下，及早应用足量青霉素、头孢菌素等抗生素类药物，改善局部引流，使炎症得到控制而逐渐治愈;如果症状没有缓解，可以通过乳突开放术来治疗。