巧克力囊肿一般长在卵巢深部，主要是因为在切开之后局部呈现巧克力的颜色，所以就称之为巧克力囊肿，又称卵巢子宫内膜异位囊肿，常表现为继发性痛经、进行性加重、不孕、卵巢异位囊肿破裂等。

如果症状较轻，患者没有感觉到明显的不适，可以选择保守治疗，有生育需求的可以试着怀孕，怀孕可以使巧克力囊肿得到改善，如果没有生育需求的，可以口服避孕药来缓解症状。如果囊肿较大，症状比较严重，已经影响到了怀孕，可以在医嘱下进行腹腔镜手术治疗，将囊肿去除，因此巧克力囊肿的治疗，要根据不同的年龄、生育要求以及严重程度，采取不同的治疗方法。