婴儿39℃烧五个小时是否有影响需分情况判断。若期间采取科学降温、补水等干预措施且护理得当，对身体短期影响多可控；若未及时正确处理，可能引发高热惊厥、脱水等风险，甚至对器官或基础疾病造成潜在影响。

若发热时及时干预，通过温水擦拭等物理降温方式辅助散热，遵医嘱使用布洛芬、对乙酰氨基酚等退烧药，并保证婴儿摄入充足母乳或水分，身体在一定程度上可代偿高温带来的压力，此时期内更多表现为哭闹、食欲减退等暂时不适，后续经规范处理大多能顺利恢复。

若未进行有效降温与护理，持续高热易突破婴儿神经系统耐受阈值，引发高热惊厥；同时发热伴随呼吸加快、隐性出汗会造成水分大量流失，若未及时补充易诱发脱水；长期基础疾病或免疫薄弱的婴儿，持续高温还可能加重心脏、脑部等器官负担，或导致潜在病情进展。

发现婴儿高热时无需过度慌乱，优先通过物理降温、补充液体缓解不适，同时尽快就医明确发热原因，严格遵医嘱治疗。发热期间需密切观察精神状态、呼吸频率、有无皮疹或呕吐等异常，夜间也需留意体温波动，以科学护理为婴儿健康筑牢防线。