总是凌晨两三点肛门瘙痒可能是肛周湿疹导致的，也可能是肛周炎导致的，或者是尖锐湿疣导致的，建议及时去医院进行检查，明确病因，对症治疗。

1、肛周湿疹：一般是由细菌或真菌感染造成，主要症状表现为肛门瘙痒、刺痛，甚至伴有皮疹，一般建议在医生指导下使用醋酸曲安奈德乳膏、氯雷他定片、盐酸苯海拉明片等药进行治疗，用药谨遵医嘱。

2、肛周炎：一般是因为炎症刺激导致肛周渗液或脓性分泌物，这些分泌物通常是会刺激肛周皮肤导致肛门瘙痒，建议使用生理盐水清洗局部皮肤，清洁后将局部皮肤擦干，注意个人卫生，可在医生指导下使用氧化锌软膏、复方醋酸地塞米松乳膏等药进行治疗，用药谨遵医嘱。

3、尖锐湿疣：肛门尖锐湿疣通常表现为肛周皮肤、黏膜粗糙、有异物感、疼痛、瘙痒等，夜间部分神经兴奋度较高、空气湿度增加等因素，导致凌晨两三点肛门瘙痒，一般建议在医生指导下外用咪喹莫特乳膏、鬼臼毒素软膏等药进行治疗。也可以在医生指导下使用激光、电灼等物理方法。