慢性咽炎头疼可能是情绪因素、慢性咽炎引起的，也可能是神经衰弱、感冒、偏头痛等因素引起的，建议及时到医院就诊，确诊后对症治疗。

1、情绪因素：如果患者的情绪在患病期间过于紧张或是焦虑，就可能会导致头部的神经受影响，从而出现头疼的情况，建议患者放松心情，可以做一些感兴趣的事情转移注意力，保持心情愉悦。

2、慢性咽炎：当患有慢性咽炎时，咽部黏膜会受到炎症的刺激出现疼痛。这种疼痛可能会扩散到头部和颈部，从而引发头部的疼痛，建议患者在医生指导下使用清喉利咽颗粒、清咽滴丸、开喉剑喷雾剂等药物进行治疗。

3、神经衰弱：主要是一种心理疾病，可能与紧张和压力太大有关，表现为头痛、烦躁、疲乏等症状，患者可以遵医嘱使用阿普唑仑片、枣仁安神颗粒、安神补脑液等药物进行治疗。

4、感冒：是上呼吸道病毒感染性疾病，症状包括头痛、咽痛、流涕等，患者可以在医生指导下使用复方氨酚烷胺胶囊、对乙酰氨基酚片、连花清瘟胶囊等药物进行治疗。

5、偏头痛：通常会使患者出现反复发作的偏侧头部疼痛，建议在医生指导下使用布洛芬缓释胶囊、佐米曲普坦片、盐酸氟桂利嗪胶囊等药物进行治疗。

除了上述因素之外，还可能与脑膜炎、脑出血等疾病有关，患者应尽快就医检查，及时排除相关风险。