双肾有小结石一般可以采取一般治疗、药物治疗以及手术治疗的方式清除，具体如下：

1、一般治疗，建议患者每天多喝水，饮水量保持在1500-2000毫升以上，再配合一些体育运动，比如跳绳、跑步等，有助于将小结石排出。

2、药物治疗，患者还可以在医嘱下服用药物将结石排出，比如枸橼酸氢钾钠颗粒、碳酸氢钠片、排石颗粒等。

3、手术治疗，如果上述方法无效，患者可在医生指导下进行手术治疗，比如体外冲击波碎石术、输尿管软镜碎石取石术等。

由于肾结石容易复发，因此建议患者定期复查，并且日常生活中，要注意控制饮食，少吃一些富含草酸的食物，多喝水，适量进行一些体育锻炼等。