小便的时候尿道刺痛可能是由于长期憋尿导致，但也可能是由于尿道炎、膀胱炎等疾病导致，建议患者前往医院明确病因。

1、长期憋尿：由于长期憋尿对膀胱的刺激导致出现小便的时候尿道刺痛，建议及时排尿，一段时间后即可得到缓解。

2、尿道炎：由于细菌侵入尿道，导致尿道黏膜感染发炎，患者常伴有尿频、尿急、尿痛、排尿困难等症状，建议患者及时前往医院，遵医嘱通过左氧氟沙星、头孢呋辛等进行治疗。

3、膀胱炎：由于尿道受到阴道、肛门分泌物污染，尿道内细菌逆行至膀胱，从而发生炎症。患者常伴有尿频、尿急、尿痛或者膀胱区疼痛等症状，建议患者及时前往医院，遵医嘱通过甲硝唑、阿莫西林等进行治疗。

此外，前列腺炎也可能会导致患者出现小便的时候尿道刺痛，建议立即就医。