引起先天性巨结肠的原因：医学界普遍认为大肠壁肌间神经丛远端部分的神经节出现问题，例如神经节细胞缺失，或神经节细胞数量减少。此外，该疾病还与孕妇在怀孕期间感染病毒或存在家族遗传有关。这两个因素都能引起儿童先天性的巨结肠。胚胎结肠发育出现问题，约在12周左右，此时脑部神经发育完成，下部神经开始发育。这时如果环境有问题，母亲感染了病毒，外胚层神经细胞就不会转移到小肠内，导致小肠远端没有发育神经节细胞，小肠就会形成巨型结肠。儿童先天性巨结肠还与 RET基因、神经调节蛋白基因1、内皮素 B基因和内皮素3基因有关。最近的一项研究发现，先天性巨结肠患者和常见病家族中都存在基因突变，主要是 RET基因突变。先天巨结肠越严重， RET基因突变越明显。先天巨结肠的直接原因是功能性梗阻，患肠无神经节细胞，常痉挛，括约肌紧张不协调，患收缩性肠管淤积大量废气、残渣。最终，肠壁变得丰满，形成巨大的结肠。