判断腰疼还是肾结石疼可以根据患者的临床症状以及相关辅助检查，具体如下：

1、临床症状：腰疼的临床症状主要表现为腰部疼痛，常为隐痛或者胀痛，多为双侧疼痛，在运动之后疼痛感加剧，肾结石一般是单侧疼痛，常为钝痛、绞痛，同时还可能会伴有排尿困难、尿频、血尿、恶心、呕吐等症状。

2、相关辅助检查：腰疼一般是由于腰部疾病引起的，需要患者前往骨科就诊，肾结石一般是泌尿系统的疾病引起的，患者需要前往泌尿外科就诊，通过CT、X光、核磁共振等检查明确是腰疼还是肾结石引起的疼痛。