早上起来上厕所尿道刺痛大部分是由于晚上睡觉憋尿时间过长导致，建议及时排尿，无需进行治疗，多数患者可自行缓解。但也可能是由于上火、膀胱炎、尿道炎等疾病导致。

1、上火：由于饮水过少、压力过大、长期处在高温环境导致患者上火，患者可能会伴有上厕所尿道刺痛的现象，建议患者平时多饮水，注意添减衣物，部分患者可以得到缓解。如果现象仍得不到缓解可以遵医嘱通过龙胆泻肝丸、六神丸、黄连上清片等药物进行治疗。

2、膀胱炎：梗阻、免疫力、尿道扩张检查都有可能会导致患者出现膀胱炎，此时患者就会伴有上厕所尿道刺痛的现象。患者可以遵医嘱通过阿莫西林、复方磺胺甲噁唑等药物进行治疗。

3、尿道炎：尿道口或尿道内梗阻、临近器官的炎症蔓延至尿道等原因导致尿道炎，尿道受到刺激就会出现上厕所尿道刺痛。患者可以遵医嘱通过复方磺胺甲噁唑片、盐酸左氧氟沙星胶囊等药物进行治疗。

少数情况下是由于膀胱癌、前列腺癌、宫颈癌等癌症导致，建议患者及时前往医院，遵医嘱进行诊治。