阴茎根部有黑色疙瘩一般考虑是毛囊炎、湿疹、皮脂腺囊肿等原因导致，具体如下：

1、毛囊炎，可能是细菌、真菌等病原体引起毛囊感染所致，患者会出现阴茎根部有黑色疙瘩，还会伴有疼痛、瘙痒感，可以在医嘱下使用复方多粘菌素B软膏、夫西地酸软膏、莫匹罗星软膏等。

2、湿疹，如果患有湿疹，会导致局部皮肤出现炎性水肿、色素沉着等情况，从而导致阴茎根部有黑色疙瘩的情况出现，可遵医嘱使用地塞米松乳膏、氢化可的松乳膏、糠酸莫米松乳膏等药物进行治疗。

3、皮脂腺囊肿，可能是由于皮脂腺排泄管阻塞导致，出现皮内有肿物的现象，生长缓慢，中央部位有针头大小的黑色斑点，可在医生指导下进行手术切除。

另外还有可能是生殖器疱疹导致，所以建议患者及时到医院检查，明确原因后对症治疗，治疗期间要注意皮肤局部的清洁卫生，勤洗澡、勤换洗衣物，有助于症状的缓解。