一般来讲，16个月宝宝总摇头可能是痱子、湿疹、佝偻病、外耳道炎、皮肤癣菌病等引起的。

1、痱子：是夏季或湿热环境中常见的一种表浅性、炎症性皮肤病，宝宝可能会出现皮肤瘙痒、疼痛或灼痛，通过不断地用手抠、摇头晃脑来缓解，可遵医嘱使用炉甘石洗剂、夫西地酸乳膏等药物缓解。

2、湿疹：是一种慢性、炎症性、瘙痒性皮肤病，主要症状是皮肤剧烈瘙痒、红斑、水肿等，宝宝可能会经常晃动身体来缓解症状，可遵医嘱使用咪康唑氯倍他索乳膏、丁酸氢化可的松乳膏等。

3、佝偻病：主要是宝宝缺乏缺乏维生素D引起的，可以导致宝宝大脑皮层兴奋性增高，从而出现宝宝总是频繁摇头，伴有多汗、频繁夜间惊醒、哭闹等症状，可遵医嘱口服葡萄糖酸钙口服液、碳酸钙颗粒等。

4、外耳道炎：是外耳道皮肤及皮下组织炎症，多表现为耳痛、耳痒等，宝宝可能会通过摇头来缓解耳部不适。可遵医嘱使用罗红霉素颗粒、阿莫西林颗粒等。

5、皮肤癣菌病：为皮肤癣菌侵犯皮肤、毛发和甲等引起的一组真菌感染性疾病，可出现红斑、水疱、脓疱等皮损，宝宝可能会通过摇头晃脑、四肢乱动等表现来缓解瘙痒感，可遵医嘱涂抹克霉唑软膏、硝酸咪康唑乳膏等药物。

此外，也可能是水痘、脓疱疮、小儿癫痫等引起的，建议及时就医，以免耽误病情。