早期怀孕有褐色分泌物，可能与先兆流产有关，也可能是阴道炎、宫颈炎等疾病所引起，建议及时到医院就诊，通过相应的检查，确诊后对症治疗。

1、先兆流产：好发于怀孕前3个月，主要症状为腹痛、阴道出血、分泌物异常等，而且分泌物颜色呈褐色，还可能出现腰酸，这种情况需要卧床休息，及时进行保胎，如果症状比较严重，就要终止怀孕。

2、阴道炎：通常是阴道菌群失调所引起，主要症状为阴道瘙痒、阴道异味、阴道红肿、分泌物增多等，颜色呈褐色或黄绿色，在治疗上，可以谨遵医嘱使用甲硝唑片、康妇凝胶等药物。

3、宫颈炎：通常是细菌入侵宫颈所导致，主要症状为阴道出血、阴道瘙痒、腹痛、分泌物增多等，如果血液与分泌物混合，颜色就可能呈褐色，在治疗上，可以谨遵医嘱服用阿莫西林胶囊、头孢克肟胶囊等药物。

除此以外，还可能是异位妊娠等原因所引起，建议明确病因，针对性治疗。