阴茎短小一般可能是遗传、过度肥胖或是内分泌紊乱等原因导致的，具体如下：

1、遗传，阴茎的大小和身体其它器官一样受遗传影响，如果直系亲属阴茎短小，那么被遗传的几率就会比较大，这种情况是不可逆的，一般需要进行阴茎手术整形，建议到正规的医院治疗。

2、过度肥胖，如果患者过于肥胖，会导致会阴部位肉比较短，从而显得阴茎比较短小，属于正常现象，只要在松弛状态下不小于3-4cm，即为正常。

3、内分泌紊乱，阴茎短小可能与内分泌系统、激素产生有关，如果垂体、肾上腺分泌激素障碍，不能刺激阴茎或者睾丸，就会导致阴茎发育不良。

另外还有可能是睾丸症、睾丸炎等原因导致的，建议患者及时到医院进行检查，明确原因后积极对症治疗，避免延误病情。