一般来说，男人精子出来会头疼可能是因为生理性原因、还可能是因为早泄、高血压等疾病导致的，具体情况如下：

1、 生理性因素：患者在进行性生活的时候，会导致大脑的交感神经兴奋，可能会导致血管的肌肉萎缩，导致大脑神经递质混乱，就会出现头疼的现象，会随着时间的推移逐渐消失。

2、 早泄：男性的精子出来导致头疼可能是因为患者出现早泄的现象，进行性生活过程中，可能会过早的射精，从而出现较大的精神压力，也是会导致头疼的，建议患者积极治疗早泄，在医生的指导下使用利多卡因霜、盐酸奥布卡因凝胶进行局部涂抹，降低敏感度。

3、 高血压：患者在进行性生活的过程中，处于紧张兴奋的状态，导致男性出现高血压的现象，血压较高的时候，就会刺激大脑神经，因此在精子出来的时候，就会导致头疼，因此定时检测血压，可以口服福新普利片、卡托普利片等药物进行降压。

除此之外，男子精子出来时头疼还可能是因为脑出血导致的，建议患者及时就医，并在医生的指导下积极治疗，避免病情恶化。